在zui基本的層面上，選擇與應用程序化學性質兼容的過濾器是成功的關鍵。由于與過濾器退化相關的限制，與被過濾液體的相容性差的過濾器通常會在正常堵塞之前發生故障。選擇的過濾器必須與流體具有良好的化學相容性，并與操作條件具有良好的物理相容性。  聚四氟乙烯 和聚醚醚酮（窺視）過濾器在使用非常苛刻的溶劑的應用中表現出zui佳的抵抗力。  尼龍， 聚丙烯和聚偏二氟乙烯（聚偏氟乙烯）過濾器具有良好的耐化學性，對于不太苛刻的應用更經濟。聚醚砜（聚醚砜）膜過濾器對極端pH和某些氧化劑具有很好的抵抗力。除了主要流體外，如果使用過濾器，消費者還必須考慮與過濾器消毒或清潔方案的兼容性。用于消毒或清潔的液體必須過濾到至少與要處理的過濾器相同的孔徑；否則清潔液中的顆粒會縮短使用壽命。

對于工作溫度升高的應用，重要的是要意識到化學相容性和耐壓差性可能會降低。必須仔細考慮過濾器的建議zui高使用溫度。  純PTFE， 銀， 玻璃纖維， 氧化鋁和 石英 過濾器都具有很好的耐高溫性能。 

在某些生命科學過濾器應用中，液體中可能含有大量的懸浮蛋白。這些液體包括組織培養基，血清，裂解物和發酵提取物。為了zui大限度地延長使用壽命，消費者應選擇具有固有的低蛋白結合特性的膜過濾器，例如聚醚砜（聚醚砜）或醋酸纖維素（認證機構）。過濾器表面易于吸附蛋白質，例如混合纖維素酯（MCE） 要么 尼龍，可能會在這些應用程序中迅速阻塞。

zui后，為了獲得zui長的使用壽命，用戶應選擇能夠可靠地實現過濾目標的zui大孔徑規格。通常，隨著孔徑等級變小，過濾器的顆粒負載能力降低。通常的選擇是基于以下誤解，即選擇孔徑小于所需孔徑的誤解，即孔徑較小會導致濾液質量更好，或者孔徑較小表示過濾器質量會更好。避免這種誘惑，并且可以使用使用壽命更長的濾膜過濾器來降低過濾成本。對于要求孔徑額定值> 1µm的應用，請考慮使用非織造纖維介質過濾器，例如玻璃纖維濾膜過濾器或聚丙烯纖維濾膜過濾器，因為它們通常比傳統的微孔濾膜具有更好的容塵能力。